南京市博物总馆是南京市委市政府为深化文化体制改革、整合博物馆资源、优化南京市博物馆管理体制，将市文化广电新闻出版局所属5家博物馆与原鼓楼区所属的1家博物馆调整归并后，批准成立的全额拨款事业单位。隶属南京市文化广电新闻出版局，机构规格为南京市副局级。
