滇西科技师范学院设有马克思主义学院、文学院、亚洲微电影学院、航空与轨道交通学院、管理与经济学院、政法与公共管理学院、外国语学院、教师教育学院、数理学院、生物技术与工程学院、智能与信息工程学院、艺术学院、体育学院、继续教育学院等14个二级学院。