PARALIGN网站提供查询相似序列的公共序列数据库的服务，在这里可以搜索基因关系、功能和结构等有价值的信息，网站采用常用的算法被称为Smith-Waterman算法，通过利用并行计算技术，PARALIGN网站已经取得比Smith-Waterman方法快8倍的运行速度。
